Poikien ja Tyttöjen Keskuksen historia juontaa vuoteen 1919, jolloin NMKY perusti Poikien liiton ja Suomen Nuorten Kristillinen Liitto perusti tyttötyön osaston. Näiden pohjalta syntyivät järjestöt Poikien Keskus vuonna 1946 ja Tyttöjen Keskus vuonna 1967. Järjestöt yhdistyivät Poikien ja Tyttöjen Keskukseksi vuonna 1989